こんにちは。お返事が遅くなりました。

当社でも最近、ご朱印を受けにご来社される方が多くなって参りましたが、厳密に神社と寺院とを分ける決まりがあるわけではありません。
ただ、１冊のご朱印帳を区別なく使用することに、あまり良い印象を持たれない社寺もところによってはあるようです。

やはり、気持ちよく参拝・参詣が出来るのが一番大切なことですから、お気持ち次第であるとともに先方への配慮も必要になるかと思われます。

ご参考になれば幸いです。