簡単に申しますと「願意があるかないか」の違いです。

「お参り」というのは、神様へのご挨拶です。一般的に社殿の外でお賽銭を納めてお参りします（「略式参拝」とも言います）
「正式参拝」は玉串料を納め、お祓いを受けて、玉串を捧げてお参りします。

人同士でも、玄関先でのあいさつと、床の間でのあらたまったご挨拶は全然違いますよね。

一方「祈祷」は神様に聞き届けてほしい願い事をすることです。
如何でしょうか。またご不明なことがありましたら再度お問い合わせ下さい。